1994年9月，朔州市国家税务局伴随着税制改革的大潮分设组建。建局时，按照行政区划共设置6个全职能的县（区）局，各县（区）局依乡设所共有50多个税务所，市级国税收入由市局稽查队负责征管。1995年，为适应专业化分工的要求，经省局批准成立了市局直属分局和稽查分局。1997年又成立了市局开发区分局，同年，按照“减所设点，成立中心税务所”的基层征管改革新模式的要求，全系统减少基层税务所38个，新建、改扩建基层中心税务所24个，实现了将工作中心转移到征管、转移到基层的目标。2001年，随着征管改革的进一步深化，又开始了新一轮征管机构改革，全系统基层征管机构由调整前的30个撤并为25个，确立了新的征管格局。2005年，按照国家税务总局及省国税局的统一部署，全市国税系统本着精简、效能、规范、统一的原则，对市局及所属县（区）局的机构设置进行了规范，明确了职责分工，为进一步加强各部门之间的协作配合，合理配置人力、物力、财力等资源，全面提高税收征管质量和效率提供了坚实的组织保障。
　　朔州市国家税务局是主管朔州市国家税收工作的职能部门，为正处级建制全职能局。朔州市国家税务局内设10个行政科（室），分别为：办公室、政策法规科、流转税管理科、所得税管理科、征收管理科、计划统计科、财务管理科、人事教育科、监察室、朔州市国家税务局办税服务厅（车辆购置税），级别均为正科级；另设机关党委办公室（正科级）、离退休干部管理办公室（副科级，挂靠人事教育科）。3个事业单位，分别为：信息中心、机关服务中心、票证中心，级别均为正科级。朔州市国家税务局下设3个直属单位，分别为：朔州市国家税务局稽查局、朔州市国家税务局直属税务分局及朔州市经济技术开发区税务分局。其中朔州市国家税务局经济技术开发区税务分局与朔州市朔城区国家税务局合并，一套人马、两块牌子。为副处级建制，全职能局。职责同县（区）国家税务局。朔州市国家税务局按照行政区划设置6个县（区）国家税务局，分别为：朔州市朔城区国家税务局、朔州市平鲁区国家税务局、山阴县国家税务局、怀仁县国家税务局、应县国家税务局、右玉县国家税务局。